Cuộc nội chiến tốn kém và có một sự cân bằng tiêu cực trên tất cả các lĩnh vực của chính phủ México, đặc biệt là nông nghiệp và đấu trường ngoại giao. Cả hai bên đã hành động theo những cách ảnh hưởng đến người México và lợi ích nước ngoài như cho vay cưỡng bức, tịch thu, giết người và nợ từ các cường quốc nước ngoài. Thỏa thuận quan trọng nhất là của Miguel Miramon, người đã ký một khoản vay 15 triệu peso (trong đó chỉ nhận được 750.000, điều này sẽ là một phần của yêu cầu bồi thường là nợ nần của Anh).

Khi Juárez chiếm thành phố México, ông đã trục xuất các đại diện của Tây Ban Nha, Guatemala và Ecuador; sứ thần của ĐGH, Tổng giám mục México; và giám mục của Michoacán đã công khai ủng hộ chính phủ bảo thủ.

Sự kết thúc của Chiến tranh Cải cách không phải là kết thúc của cuộc nội chiến. Với quân đội bảo thủ bị tàn phá, nó trở thành một hoạt động du kích dưới sự lãnh đạo của Leonardo Marquez, người vào tháng 6 năm 1861 giết Melchor Ocampo, Santos Degollado và Leandro Valle.

Juárez đã giành được các cuộc bầu cử được tổ chức vào Tháng Mười Một, và nhậm chức làm tổng thống hiến pháp vào ngày 15 tháng 7 năm 1861. Tình hình kinh tế bấp bênh đã khiến Juárez phải đình chỉ việc trả nợ nước ngoài trong hai năm.

Napoléon III đã gọi Tây Ban Nha và Anh đến một cuộc họp ở Luận Đôn để thảo luận về một lập trường chung chống lại chính phủ của México. Vào ngày 31 tháng 10 năm 1861, ba nước đã ký một văn kiện được gọi là Công ước Luận Đôn, ngăn chặn các cảng México và hải quan được ủy quyền báo chí để thanh toán các khoản nợ.

Đối mặt với mối đe dọa từ bên ngoài, Quốc hội đã miễn cưỡng trao quyền hạn phi thường cho Juárez vào ngày 11 tháng 12. Khi các tàu nước ngoài đến Veracruz Juárez không phản đối và cho phép họ xuống tàu, tìm cách giải quyết cuộc xung đột một cách ngoại giao. Ngoại trưởng Manuel Bent đã gặp gỡ với các ủy viên của các cường quốc nước ngoài; các khiếu nại bằng tiếng Tây Ban Nha và tiếng Anh được coi là "hợp lý". Cả hai quốc gia đã ký kết các hiệp ước với México, và bằng cách đó chấp nhận việc tạm ngừng các khoản thanh toán vào tháng 4 năm 1862.

Chính phủ lang thang và sự kết thúc của Cộng hòa

Trong năm 1862, các trận chiến giữa México và Pháp tiếp tục. Các trận đánh của Dry Canyon và Cerro del Borrego theo sau trận Puebla; cả hai đều là chiến thắng của Pháp. Sau khi quân Pháp tiếp nhận viện trợ là cuộc bao vây Puebla, ngày 17 tháng 5 năm 1863 thành phố rơi vào tay quân Pháp. Sau sự sụp đổ của Puebla, quân đội Pháp đã đến thành phố México.

Vào ngày 31 tháng 5, Juárez và nội các rời khỏi thành phố México và chuyển đến San Luis Potosí và bắt đầu "chính phủ nhàn rỗi" của mình, cuối cùng định cư tại Paso del Norte (nay là Ciudad Juárez). Vào ngày 1 tháng 6 năm 1863, chỉ huy quân đội Bruno Martinez đã đưa ra một tuyên ngôn ủng hộ sự can thiệp của Pháp ở México và thừa nhận Frédéric Forey là cơ quan quyền lực tối cao trong nước. José Mariano Salas, cựu tổng thống México và người phục chế Cộng hòa Liên bang, đã chiếm thành phố México từ ngày 1 đến 10 tháng 6 (khi quân Pháp chiếm đóng thủ đô).

Vào ngày 16 tháng 6, Tướng Forey đã ra lệnh thành lập Hội đồng Quản trị cấp trên, vào ngày 24 tháng 6, có tên là một bộ ba lãnh đạo để tiếp quản chi nhánh: Juan Nepomuceno Almonte, Jose Mariano Salas và Pelagius Antonio de Labastida (người vì sự vắng mặt của ông, tạm thời được thay thế bởi John B. Ormachea).

Vào ngày 8 tháng 7, một Hội đồng Đệ nhị 215 đã được lắp đặt (kết hợp với Hội đồng Chính quyền Cao). Vào ngày 10 tháng 7, nó thiết lập một chế độ quân chủ và đưa ra vương thất của đế quốc Maximiliano I của México. Nghị định này đánh dấu sự kết thúc của Cộng hòa Liên bang thứ hai, bắt đầu Đệ nhị Đế chế México.

Vào ngày 11 tháng 7, hội đồng gồm Almonte, Salas, Labastida và nhiếp chính, vốn cai trị cho tới khi Maximiliano đến México. Ngày 3 tháng 10 tại Lâu đài Miramar, phái đoàn México (đứng đầu là Jose Maria Gutierrez de Estrada, Juan Nepomuceno Almonte và Miguel Miramon Maximilian) đã được đọc yêu cầu chính thức của các nhà quân chủ México cho việc chiếm ngai của México. Maximiliano chấp nhận vương thất của Đế chế México, và đến Veracruz vào ngày 28 tháng 5 năm 1864. Ông đã đi đến México City cùng vợ ông Charlotte, nơi ông được trao vương miện vào ngày 10 tháng 4 năm 1864 tại Thánh đường chihs tòa.